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Nat Commun | Spatial-ID：通过迁移学习和空间嵌入进行空间高分辨转录组数据的细胞注释

腾讯 AI Lab 联合深圳华大生命科学研究院团队，开发了一种基于自监督学习的空间转录组（spatially resolved transcriptomics，SRT）细胞注释方法Spatial-ID（SPATIAL cell type IDentifification），它集成了迁移学习和空间嵌入策略。该方法通过迁移学习从已有的单细胞转录组数据集迁移单细胞表达谱知识。该方法通过嵌入空间信息，利用细胞在空间背景下与相邻细胞之间的可能存在的交互关系或共表达模式，提升细胞类型识别的准确性，且对来自不同测序技术的数据具有较强稳健性。此外，将Spatial-ID应用于先前通过华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq获取的小鼠大脑数据集，证实了其对具有亚细胞空间分辨率的三维大视场组织的可扩展性，这为构建大视场空间转录组脑图谱提供了一个很有前景的途径。该文章在2022年12月10日发表于Nature Communications，以下是文章的详细解读。

华大DNBelab C4平台应用专题：剖析疾病致病机理

了解发病机制，是治疗疾病的关键。疾病发生发展过程是指致病因素引起的各种病理性损害与人体抗损害的反应相互“斗争”的过程。本期简讯就华大DNBelab C4平台在解析疾病病理、生命进化方面发表的8篇文章进行简述，以供参考。

成果发布 | Stereo-seq揭示宫颈癌恶化“帮凶”，为晚期癌症治疗提供科学指导

宫颈癌是危害全球女性健康的第四大癌症。据统计，2018年世界范围内新增宫颈癌病例接近57万，其中我国的新增病例超过10万。

专题解读 | scStereo-seq揭示拟南芥叶片表征区域特异性细胞和空间转录组变化

深圳华大生命科学研究院等在自主研发的时空组学技术Stereo-seq基础上，针对植物样本具有细胞壁这一特性，建立了一套适用于植物的、单细胞化的空间转录组技术scStereo-seq（single-cell SpaTial Enhanced REsolution Omics-sequencing）。研究团队将其示范应用于模式植物拟南芥（Arabidopsis）的叶片研究中，对上、下表皮细胞、栅栏细胞、海绵细胞的转录组特征进行了详细解析，攻克了长期以来研究人员无法对叶片中高度相似细胞类型的分子特征进行有效解析的难题。该文章在2022年5月4日作为专辑文章之一发表于Developmental Cell，以下是详细解读。

一作详解 | Stereo-seq和scRNA-seq联合分析揭示微生物群塑造小鼠脾脏解剖结构和免疫功能

华大生命科学研究院方晓东研究团队、中山大学魏泓研究团队等合作利用无菌（germ-free，GF）小鼠和无特定病原体（specific pathogen-free，SPF）小鼠模型，结合华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq和DNBelab C4平台，揭示了微生物群能塑造小鼠脾脏的解剖结构和免疫功能，缺乏微生物群会导致小鼠脾脏分层结构紊乱，这对于理解微生物群在调节脾脏免疫功能中的关键作用具有重要意义，并为免疫相关疾病的潜在新治疗策略提供了见解。

JGG｜方晓东/魏泓团队发现微生物群塑造小鼠脾脏解剖结构和免疫功能

肠道微生物与其宿主表现出复杂的相互作用，并在整个生命周期中塑造生物体的免疫系统。脾脏作为最大的次级淋巴器官，是进行免疫应答的重要场所。然而，目前仍不清楚微生物与脾脏相互作用的分子机制以及微生物群对脾脏免疫细胞转录过程的影响。

JGG最新综述 | 时空组学技术的研究进展、应用及挑战

3月27日，华大生命科学研究院徐讯研究员团队在国际期刊Journal of Genetics and Genomics上发表了一篇综述文章《Spatially resolved transcriptomics: a comprehensive review of their technological advances, applications, and challenges》，从技术特点、生物信息学工具和应用的角度详细介绍了空间分辨转录组学（Spatially Resolved Transcriptomics，SRT）的最新进展和挑战，以及具有代表性的SRT应用。华大生命科学研究院成梦南博士和博士生姜宇佳为第一共同作者，华大生命科学研究院徐讯研究员和刘龙奇研究员为共同通讯作者。该综述为JGG时空组学专刊文章，以下是文章的详细解读。

Stereo-seq应用专题：用“生命全景照相机”解码生命奥秘

Nat Metab：Stereo-seq助力干细胞治疗糖尿病新突破

近日，北京大学邓宏魁研究团队、中国医学科学院/北京协和医学院彭小忠研究团队等合作在国际期刊Nature Metabolism发表研究论文《Implantation underneath the abdominal anterior rectus sheath enables effective and functional engraftment of stem cell-derived islets》。该文章揭示腹直肌前鞘下是人多能干细胞分化胰岛（Human pluripotent stem cell-derived islets，hPSC islets）移植的一个新腹膜外部位，并结合免疫组化、Stereo-seq及功能评价等方法，证实其能够有效支持hPSC胰岛细胞在体内存活、功能成熟和功能长期维持，为临床糖尿病治疗提供了理想的胰岛移植新策略，有望实现1型糖尿病的治愈。

时空组学：如何让病理诊断更精确、临床治疗更精准？

病理的精准诊断，离不开新技术的建立和应用。近两年，生命科学领域最重要的技术突破之一——时空组学，实现了生命在时间和空间维度上细胞“地图”的全面绘制，大大推动了我们对于生命复杂性，尤其是人类疾病的全面认知。正如近期发表在国际期刊Life Medicine的综述文章《Spatiotemporal Omics-Refining the landscape of precision medicine》中介绍的一样，时空组学技术的出现在病理研究领域具有革命性意义。

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